年 五月 就職 。 是 年冬 ， 朱家驊 被 國民 政府 任命 為 浙江省 政府 主席 ， 對 中研院 總幹事 一 職 已 無 興趣 ， 再三 堅 辭 ， 仍 無 結果 。 盧溝橋 事變 爆發 ， 日軍 即 有 進攻 上海 、 迫近 南京 之 勢 ， 華東 陷入 全面 危急 ， 朱家驊 顯然 已 無法 繼續 兼顧 中研院 事務 ， 只好 請 傅斯年 出面 代理 ， 傅 顧及 各 方 情面 與 國家 危難 ， 毅然 挑起 這 副 擔子 。 因而 ， 從 廬山 回到 南京 的 傅斯年 ， 開始 以 事實 上 的 總幹事 身分 處理 中央 研究院 各 項 事務 ， 繁亂 的 工作 剛剛 理出 一點 頭緒 ， 「 八一三 」 淞滬 抗戰 爆發 ， 日本 企圖 讓 中國 滅 國滅 種 ， 而 中國 軍民 誓死 保家 衛國 的 生死 之 戰 就此 開始 。 八月 十七日 ， 國防 參議會 最 高 會議 在 南京 召開 ， 胡適 、 傅斯年 、 蔣夢麟 、 梅貽琦 、 張伯苓 、 羅家倫 等 學界 要人 出席 會議 。 會議 決定 派 胡適 以 非正式 外交 人員 身分 出使 美國 ， 蔣百里 出使 德國 ， 孫科出 使 蘇聯 ， 以 爭取 國際 援助 。 八月 十八日 ， 蔣介石 在 南京 發表 〈 告 抗戰 全軍 將士 第二 書 〉 ， 表示 ： 「 為 確保 國家 的 生存 ， 為 爭取 民族 的 自由 ， 為 拯救 國家 民族 的 危亡 」 ， 決心 發動 全 國 抗戰 到 底 。 與 此 同時 ， 南京 國民 政府 開始 設法 動用 一定 運輸 力量 ， 把 國家 珍品 、 工業 設施 、 戰略 物資 和 科研 設備 ， 經 長江 、 隴海 鐵路 和 各 條 公路 悄悄 運往 中國 內地 特別 是 西南 地區 ， 以 保存 實力 ， 長期 抗戰 。 與 此 同時 ， 國民 政府 做出 了 中央 研究院 各 所 與 平津 兩 地 六 所 大學 遷往 長沙 、 西安 成立 臨時 大學 的 決定 。 根據 這 一 戰略 決策 ， 傅斯年 立即 指示 中央 研究院 各 所 捆 紮 物資 儀器 ， 打點 行裝 ， 準備 啟程 。 早 在 淞滬 戰事 爆發 之前 ， 史語所 考古組 已 根據 戰爭 形勢 ， 在 富有 遠見 和 責任心 的 李濟 指揮 下 ， 開始 對 歷次 發掘 器物 和 各 種 器材 進行 打包裝箱 ， 準備 內遷 。 據 史語所 《 大事記 》 民國 二十六年 （ 一九三七年 ） 七月 條 載 ： 「 本 所 隨 本 院 西 遷 ， 先 選 裝 最 珍貴 中 西文 圖書 、 雜誌 及 善本 書 共 六十 箱 ， 首 批 運往 南昌 農學院 ， 其餘 一千三百三十三 箱 分批 運 長沙 。 但 部分 殷墟 出土 的 人骨 、 獸骨 及 陶片 等 ， 限於 運輸 工具 ， 暫留 原址 。 」 八月 條 ： 「 本 院 組織 長沙 工作站 籌備 委員會 ， 本 所 遷入 長沙 聖經 學院 ， 所長 傅斯年 仍 留 南京 ， 派 梁思永為 籌備會 常務 委員 。 」 此 次 行動 ， 按照 石璋如 若干 年 後 的 說法 ， 「 因為 南京離 上海 很 近 ， 戰事 吃緊 ， 所以 先行 裝箱 」 。 首先 選擇 重要 的 文物 裝箱 ， 「 像 骨頭 就 選 人骨 ， 其它 部分 就 留下 ， 這 也 是 一 種 決定 」 。 根據 不同 情況 ， 傅斯年 與 李濟 、 梁思永 商定 ， 已 捆 裝 完畢 的 六十箱 最 珍貴 的 中西文 圖書 及 善本書 等 ， 由 李濟 親自 負責 押運 到 南昌 農學院 保存 ， 其他 一千三百多 箱 出土 器物 ， 陸續 運到 南京 下關 碼頭 裝船 ， 沿 長江 分批 運往 長沙