林口 兒童 醫院 獨立 ， 成為 全 台 首創 的 長庚 兒童 醫院 。 1998 7 月 1 日 ， 林口 院區 開辦 台灣 首創 的 「 桃園 地區 急重症 系統 」 ， 整合 結盟 醫院 的 急診 與 ICU 醫療 資源 ， 發展 跨 六 區 的 急重症 醫療 。 1999 台北 院區 成立 「 中醫 分院 」 （ 林口 中醫 分院 開幕 ） 。 2000 高雄縣 委託 經營 鳳山 醫院 （ 高雄 院區 鳳山 醫院 開幕 ） 。 2 月 23 日 ， 與 高雄縣 政府 正式 簽約 ， 接受 委託 經營 鳳山 醫院 。 2001 3 月 12 日 ， 長庚 醫院 護理 之 家 於 林口 開幕 。 5 月 2 日 ， 高雄 長庚 醫院 完成 首 例 孕婦 活體 肝臟 移植 手術 。 2002 1 月 16 日 ， 嘉義 長庚 醫院 開幕 。 8 月 1 日 ， 長庚 護專 改制為 長庚 技術 學院 。 8 月 28 日 ， 台灣 首 例 活體 雙 肝 移植 ， 全球 第三 個 完成 活體 雙 肝 移植 的 醫院 。 2003 復健 分院 更名為 桃園 分院 ， 並 開始 門診 服務 。 2004 11 月 24 日 ， 高雄 長庚 完成 第 例 活體 肝臟