對 西藏 的 監督 控制 ， 又 反對 與 清朝 建立 密切 關係 ， 他 與 噶爾丹 暗中 勾結 ， 策劃 趕走 和 碩特部 的 勢力 。 康熙 二十一年 ， 五世達 賴 圓寂 ， 他 祕 不 發喪 ， 「 偽言達賴 入定 ， 居高閣 不 見 人 ， 凡事 傳達 賴 之 命 以 行 之 」 ， 他 幾乎 成 了 真正 西藏 的 政教 領袖 。 一直 到 康熙 三十五年 ， 皇帝 親征噶爾丹 時 ， 才 從 俘擄 的 蒙古 人口 中 ， 知道 達 賴 死亡 的 事 ， 清廷 立即 下令 嚴斥 ， 桑結 只好 請 罪 ， 並 私自 宣布 六世達 賴 喇嘛 坐床 。 但 他 仍 想 加快 驅逐 和 碩特部 在 西藏 的 勢力 。 康熙 四十四年 ， 噶爾丹 早 被 康熙 消滅 ， 拉 藏 汗 便 發動 青海 蒙古 的 騎兵 執 殺 了 桑結嘉措 ， 並 將 六世達 賴 派 人 送往 北京 ， 以 徹底 清除 桑結 的 影響力 。 康熙 四十六年 ， 拉藏汗 又 與 新 任命 的 第巴素隆 ， 選立 了 一 名 喇嘛 為 六世達 賴 ， 可是 這 位 新 選出 的 六世達賴 卻 不能 被 西藏 多數 僧侶 以及 青海 諸 蒙古 承認 ， 並 指為 假 達 賴 ， 而 認為 西康 理塘 人 噶桑嘉措 才 是 真 達 賴 ， 因而 又 引起 真假達賴之爭 。 拉 藏 汗 執 殺 桑結嘉措 之後 ， 有些 桑結 的 餘黨 逃到 了 伊 犁 ， 鼓動 準噶爾蒙古 的 首領 策妄 阿拉 布坦 進取 西藏 ， 策妄 阿拉布坦 也 正 想 控制 黃教 ， 擴大 他 在 蒙古 各 部 的 影響力 ， 於是 一 面 暗中 作 侵 藏 準備 ， 一面 與 拉 藏 汗 結為 兒女 親家 ， 以 減少 拉藏汗 的 疑慮 。 康熙 五十六年 （ 一七一七 ） ， 以 護送 拉 藏 汗子婦 回藏 的 名義 ， 策妄 阿拉 布坦 派出 六千 勁旅 ， 繞道 荒涼 地區 向 西藏 進發 ， 以免 清廷 注意 。 經過 長途跋涉 ， 準噶爾大軍 終於 攻陷 了 拉薩 ， 殺害 了 拉 藏 汗 ， 控制 了 西藏 。 準噶爾軍 原 想 乘勝 打到 青海 ， 搶劫 理塘人 噶桑嘉措 ， 進一步 控制 黃教 ； 但 被 清軍 及時 發現 ， 並 予 擊潰 ， 使策妄 阿拉布坦 的 計劃 未 能 實現 。 準噶爾 大軍 在 西藏 大行 屠殺 ， 搶劫 財物 ， 非 黃 教 寺院 被 毀壞 的 有 五百多 所 。 清廷 聽到 消息 以後 ， 康熙 皇帝 於 五十七年 六月 派 侍衛 色楞 統率 大軍 ， 入 藏征剿 準噶爾部 。 色楞 有勇 無 謀 ， 輕 敵 冒進 ， 不 知 敵情 ， 不適 藏 地 氣候 ， 結果 招致 全軍覆沒 的 敗績 。 清軍 慘敗 消息 傳到 北京 ， 滿 朝 驚震 ， 康熙 不顧 中外 反對 ， 毅然 派出 第二 次 遠征 大軍 ， 並且 任命 他 的 愛子 胤禎 （ 後 改名 胤褆 ） 為 撫 遠大 將軍 ， 統率 三 路 兵馬 ， 動員 號稱 三十六萬 之 眾 ， 希望 一舉 解決 西藏 問題 。 準噶爾兵 由於 陣亡 、 病故 以及 返鄉 的 人數 已 多 ， 所以 清軍 再度 來 征 時 他們 根本 無法 抵抗 ， 加上 藏人 對 準部 殘虐 的 反感 ， 因而 歡迎 清軍 到來 ， 「 男女老幼 ， 襁負 來 迎 ， 見 我 大兵 ， 群 擁 環繞 ， 鼓奏 各 種 樂器 」 ， 清軍 不久 便 平定 西藏 的 動亂 ， 並 護送 被 大家 認為 是 真 達 賴入藏 坐 床 ， 也 解決 了 化身 轉世達 賴 承襲 的 問題 。 西藏 問題 實際 上 牽涉到 新疆 、 青海 以及 蒙藏 、 黃教紅教 等 的 複雜 問題 。