主要 河川 （ 21 條 ） 次要 河川 （ 29 條 ） 全 河段 未 受 污染 頭前溪 、 大甲溪 、 濁水溪 、 蘭陽溪 、 秀姑巒溪 、 花蓮 溪 （ 6 條 ） 雙溪 、 蘇澳溪 、 楓港溪 、 吉安溪 、 立霧溪 、 和平溪 、 南澳溪 、 枋山溪 、 港口溪 （ 9 條 ） 最 下游 河段 未 受 污染 頭前溪 、 大甲溪 、 濁水溪 、 蘭陽溪 、 秀姑巒溪 、 花蓮 溪 （ 6 條 ） 雙溪 、 蘇澳溪 、 楓港溪 、 四重溪 、 港口溪 、 知本溪 、 吉安溪 、 立霧溪 、 和平溪 、 福興溪 、 南澳溪 、 枋山溪 （ 12 條 ） 最 下游 河段 輕度 污染 大安溪 、 曾文溪 、 林邊溪 、 卑南溪 （ 4 條 ） 磺溪 、 保力溪 、 利嘉溪 （ 3 條 ） 最 下游 河段 中度 污染 烏溪 、 北港溪 、 八掌溪 、 朴子溪 、 高屏溪 、 東港溪 （ 6 條 ） 鳳山溪 、 西湖溪 、 太平溪 、 美崙溪 、 率芒溪 、 新城溪 、 得 子口溪 （ 7 條 ） 最 下游 河段 嚴重 污染 大漢溪 、 後龍溪 、 急水溪 、 鹽水溪 、 二仁溪 、 淡水河系 （ 6 條 ） 南崁溪 、 老街溪 、 社子溪 、 鹽港溪 、 中港溪 、 新 虎尾溪 、 阿公店溪 （