新 的 物種 就 會 很 快 的 產生 。 在 小 族群 動物 中 ， 基因庫 變 得 不 均衡 ， 新 的 基因 組合 會 很 快 的 擴散 ， 從 另 一 角度 來 看 ， 有些 研究 者 懷疑 物種 可能 不需 隔離 也 會 產生 新 的 物種 。 當 一 種 蟋蟀 搬入 某 一 區域 生活 時 ， 住在 北邊 的 可能 比 住在 南邊 的 更 能 忍受 寒冷 ， 如果 牠們 與 南邊 怕 冷 的 蟋蟀 交配 ， 其 後代 可能 會 怕 冷 ， 所以 牠們 會 盡量 與 北邊 的 交配 ， 雖然 一 南 一 北 相去 不遠 ， 但 牠們 可能 會 因此 互相 隔離 而 成為 兩 種 不同 的 物種 。 新 達爾文 主義 結合 了 達爾文 主義 及 二十世紀 的 遺傳學 ， 將 基因 的 演化 、 傳播 及 新 物種 的 形成 解釋 得 十分 清楚 ， 幾乎 使 它 不 稀罕 了 。 當 生物學家 首先 建議 以 此 方式 來 解釋 個體 演化 時 ， 他們 可以 證明 如果 你 讓 物種 持續 百萬 或 千萬 代 ， 它 可以 製造出 像 化石 紀錄 般 的 結果 。 但 若要 使 人 看出 生命 實際 歷史 ， 巨演化 則 必須 成為 獨立 的 科學 ， 而 第一 步 就 是 要 找出 生命 ， 無論 是 現存 或 已 變成 化石 的 細胞 組織 是 如何 相關 的 。 後來 的 生物學家 回頭 去 看 歐文 所 研究 的 動物 時 ， 時常 發現 歐文 的 錯誤 ， 有 些 是 因為 不良 標本 ， 有些 則 是 因為 與 他 的 理論 不合 而 被 故意 忽略 。 例如 ， 在 研究 過 更多 的 南美洲 肺魚 標本 就 可 清楚 看出 ， 這 個 動物 並 不 像 歐文 所 描述 的 沒有 鼻孔 向 內 的 通道 ， 牠們 的確 有 鼻孔 ， 至少 是 有 與 嘴部 銜接 類似 鼻孔 的 通道 ， 歐文 的 乾 標本 一定 是 有 鼻塞 的 問題 。 後來 的 科學家 如 愛爾蘭 的 麥當尼爾 （ Robert M ' Donnel ） 對 牠 真正 的 身分 也 是 困惑 不解 ， 一八六○年 時 他 寫道 ： 「 我們 可以 假設 ， 南美洲 肺魚 是 站 在 動物 兩 大 部門 界限 中間 而 具有 特殊 意義 的 物種 。 牠 本身 就 是 在 偉大 自然界 內 ， 從 一 個 綱 轉變到 另 一 個 綱 ， 像是 站 在 自然界 中 最 大 尺度 的 生命 傳承 線上 ， 是 如此 不可思議 的 證明 。 」 麥當尼爾 收到 一 個 裝 在 泥 內 從 甘比亞河 流域 的 麥卡瑟島 （ Macarthy ' s Island ） 上來 的 活 標本 ， 牠 被 包 在 帆布 內 ， 裝 在 盒子 裡 達 七十六 天 之 久 ， 「 當 我 接到 牠 時 ， 我 當然 是 十分 想 知道 牠 是否 還 活 著 ， 我 打開 盒子 ， 從 氣孔 中 插入 一 根 麥稈 去 觸碰 牠 ， 牠 大聲 尖銳 的 叫聲 不但 毫無 疑問 的 證明 牠 仍 是 活 著 ， 也 使 我 很 快 的 將 手 縮回 ， 生怕 被 牠 咬到 。 」 他 繼續 打開 包 得 像 繭 一樣 的 帆布 ， 泥巴 已經 硬 得 必須 用 鋸子 鋸開 。 「 在 這 個 過程 中 ， 這 個 動物 自動 的 以 聲音 來 回應 ， 雖然 牠 的 叫聲 不 像 傳說 中 妖女 塞倫 的 歌聲 般 美妙 動聽 ， 但是 對 我 的 耳朵 來 說 倒 還 合 我 意 。 」 包裹 裡 是 一 條 魚 ， 牠 被 裹 在 像是 白樺 樹葉 的 爛泥 內 ， 他 把 魚 放入 水缸 ， 看 牠 把 身體 展開 ， 有 活力 的 四處 游動 ， 但 牠 再 也 沒有 向 麥當尼爾 發 過 一 聲 了 。 麥當尼爾 發現 這 個 動物 有 鼻孔 ， 很 明顯 的 是 當 牠 被 埋 在 爛泥 中 ， 這 是 使 牠 得以 從 爛泥 內 呼吸 的 重要 器官 。 麥當尼爾 的 觀點 是 ： 牠 的 心臟 像 蝌蚪 的 心臟 ， 肺像 蛇 的 肺 ， 「 我 不 知道 有 任何 動物 比 南美洲 肺魚 更 符合 達爾文 的 理論 。 」 也就是說 ， 他 不 知道 該 如何 稱呼 牠 。 第三 大 洲 ── 澳洲 ， 在 一八七○ 發現 了 南美洲 肺魚 的 親戚 ， 這 條 肺魚 蒼白 、 寬闊 ， 和 非洲 與 南美洲 的 肺魚 一樣 ， 在 牠 的 肩膀 與 臀部 上 有 鰭 。 但是 與 南美洲 肺魚 不同 的 是 ， 南美洲 肺魚 擁有 窄小 像 鞭子 般 的 鰭 ， 而 澳洲 肺魚 的 鰭 肥厚 結實 ， 且 包覆 有 從 主軸 分支 伸出 的 骨頭 。 澳洲 的 肺魚 極少 跑出 水面 或 呼吸 空氣 ， 看起來 比 其他 的 都 更 像 化石 ， 牠 是 從 四億一千萬 至 三億五千五百萬 年 前 ， 首先 出現 魚類 的 泥盆紀 （ Devonian period ） 中 來 的 。 因為 牠 深遠 的 宗譜 ， 這 一 種 稱為 肺魚 （ lungfish 或 dipnoan ， 「 兩 個 肺 」 的 意思 ） 的 支系 ， 常 被 捲入 演化 爭論 之中 。 就 好像 有 位 心 存 懷疑 的 人 寫道 ： 「 一些 動物學家 假設 ， 在 魚類 往 更 高 層次 的 兩棲類 演化 掙扎 的 歷程 中 ， 南美洲 肺魚 是 這 個 演化 過程 的 最後 階段 。 但是 這 個 假設 很 難 成立 ， 因為 我們 發現 肺魚 可以 追溯到 最早 發現 魚類 化石 的 時代 ， 而且 與 那時 的 化石 沒有 多少 改變 。 」 但是 達爾文 從未 說 過 肺魚 是 四 足 動物 的 祖先 ， 他 只是 說 肺魚 與 四足 動物 有 生活 在 水 中 的 共同 祖先 ， 並且 這 兩 個 支系 已經 走向 不同 的 歷史 方向 。 到 了 十九世紀 末期 ， 古 生物學家 已經 相當 了 解 脊椎 動物 的 早期 歷史 了 。 最 原始 的 脊椎 動物 盲鰻 （ hagfish ） 及 八目鰻 就 是 今日 的 代表 ， 牠們 沒有 下額 ， 只 能 在 水 中 吸食 爛泥 中 的 食餌 。 較 大 體型 又 有 下巴 的 約 在 四億五百萬 年 前 演化出來 ， 接下來 就是 魚類 的 黃金 時期 ── 泥盆紀 ， 在 海洋 中 充滿 了 前所未見 的 各式各樣 的 脊椎 動物 ， 如 鰭 上 滿 是 牙齒 的 鯊魚 、 一 身 冑甲 的 盾皮魚 （ placoderms ， 盾皮 魚綱 ， 古生代 魚類 一 個 龐雜 的 綱 ， 其 特點 是 頭 和 軀幹 的 前部 披有 複雜 的 骨質 甲 ， 是 一 種 淡水魚 ） 、 三十 呎 長 的 節甲魚 （ arthrodires ， 盾皮 魚綱 節甲魚目 ， 在 志留紀 〔 Silurian period 〕 晚期 及 泥盆紀 出現 ） 、 鰭像 是 螃蟹腳 的 胴甲魚 （ antiarchs ， 胴甲魚目 ， 古生代 盾皮魚 高度 特化 的 一 個 分支 ， 其 化石局 限於 中 、 晚期 泥盆紀 的 淡水 沉積物 中 ） 以及 一 大 堆 巨大 的 肺魚 。 這些 支系 多數 都 消失 了 ， 但是 在 泥盆 紀期 就 開始 存在 的 四 大 類 至今 仍然 存在