第十 條 也 規定 ， 戒嚴 時期 違反 本 條例 者 ， 「 不論 身 分概 由 軍事 機關 審判 之 」 。 因此 ， 在 白色恐怖 下 ， 涉及 「 匪諜 」 、 「 叛亂 」 、 「 台獨 」 等 罪名 的 案件 ， 首先 由 國防部 保密局 （ 其後 為 國防部 軍事 情報局 ） 、 台灣省 保安 司令部 （ 一九五八年 改為 台灣 警備 總司令部 ， 簡稱 警總 ） 保安處 ， 以及 調查局 等 單位 負責 逮捕 與 偵訊 ； 接著 由 台灣省 保安 司令部 軍法處 負責 起訴 與 審判 。 絕大部分 案件 都 是 秘密 審判 ， 只有 少數 受到 海外 或 國際 社會 關注 的 案件 才 會 公開 審判 。 許多 人 往往 由於 思想 、 言論 、 參加 團體 、 朋友 牽連 或 遭 人 誣告 等 種種 原因 遭到 逮捕 ， 由 特務 在 偵訊 時 以 酷刑 逼供 寫成 自白書 ， 再 由 軍事 法庭 根據 自白書 審理 判刑 ， 最 輕 者 判 三 年 感訓 監禁 ， 其次 是 五 年 至 十五 年 的 徒刑 ， 最 重 的 則 判 無期徒刑 或 死刑 。 執行 死刑 多半 在 馬場町 或 新店 安坑 刑場 等 處 ， 徒刑 在 新店